Die Malteser Jugend ist wie die katholische Kirche in Diözesen (Bistümer) gegliedert. In allen Bistumsstädten ist eine mit einem hauptamtlichen Mitarbeitern besetzte Diözesangeschäftsstelle der Malteser vorhanden, hier sind auch die Diözesan-jugendreferate der Malteser Jugend zu finden.
Als nächste Ebene nach der Diözese ist die Ortsebene definiert. Kreis-, Bezirks- und Landesebene sind staatliche Organisations-ebenen und in der Regel keine vitalen Ebenen des Verbandes. Zumeist sind zur Außenvertretung diesen Ebenen auch Funktionen (z.B. Landesjugendsprecher, -referent, etc.) zugeordnet, sie haben jedoch keine weisungsberechtigte Funktion.

Hinweis:
Die Jugendreferenten auf Ortsebene und alle Jugendgruppenleiter und Gruppenleiter-assistenten sind ausschließlich ehrenamtlich tätig und deshalb nur in ihrer Freizeit (nach 17 Uhr) telefonisch erreichbar!